Граф потому, что отношения сущностей в общем случае произвольны. Как ссылки в книге или на сайте отражают связи сущностей. А если изначально присутствует иерархия модели, то да, всё складывается естественно.

С призраками так и получается, поверх графовой модели приходится придумывать некую существенно б́ольшую иерархическую, в которой можно как-то задавать необходимые связи. Просто для соответствия парадигме. И получаются во многообразии несуществующие призрачные сущности: структуры и отображения. И укрощение оных — большая часть проблем.

На мой взгляд, это вполне на поверхности, как история от IMS до System R.